十二烷基二甲基芐基氯化銨具有廣譜、高效的殺菌滅藻能力，能有效地控制水中菌藻繁殖和粘泥生長，并具有良好的粘泥剝離作用和一定的分散、滲透作用，同時具有一定的去油、除臭能力和緩蝕作用。

十二烷基二甲基芐基氯化銨廣泛應用于石油、化工、電力、紡織等行業(yè)的循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中，用以控制循環(huán)冷卻水系統(tǒng)菌藻滋生，對殺滅硫酸鹽還原菌有特效。

十二烷基二甲基芐基氯化銨可與其它殺菌劑共同使用，例如異噻唑啉酮、戊二醛、二硫氰基甲烷等配合使用，可起到增效作用，但不能與氯酚類藥劑共同使用。